Fekal inkontinansın başlıca sebepleri şunlardır:
Kas Hasarı: Özellikle rektumun ağzında bulunan ve dışkının çıkışını kontrol eden anal kasların yapısının bozulması dışkıyı tutmakta zorluk çekmenize neden olabilir. Bu tip bir hasar özellikle çocuk doğurma esnasında meydana gelebilir.
Sinir Hasarı: Rektum ya da anal bölgedeki dışkı varlığını algılayan ve kontrol eden sinirlerin hasar görmesi sonucu meydana gelebilir.
Kabızlık: Kronik konstipasyon, anal bölgedeki kasların sürekli ve şiddetli kasılması sonucu bu bölgede sinir hasarına yol açabilir ve bu nedenle fekal inkontinans meydana gelebilir.
Diyare: Katı kıvamlı dışkının tutulabilmesi, sıvı kıvamlı dışkıya göre daha kolaydır.
Rektumun Biriktirme Kapasitesinin Azalması: Normalde rektum, bağırsak içeriğinin artmasına bağlı olarak genişleyerek dışkıyı depo edebilme kapasitedine sahiptir. Ancak cerrahi operasyon sonrası, enflamatuar bağırsak hastalığı nedeniyle ya da radyasyon terapisi dolayısıyla rektum esneyerek egnişleyemez hale gelebilir. Bu durumda ise fazla miktardaki dışkı dışarı akabilir.
Cerrahi Operasyon: Hemoroid ameliyatı ya da daha karmaşık rektum ve anüs ameliyatları sonucu bu bölgelerdeki kaslar ya da sinirler hasar görebilir ve bunun sonucu olarak fekal inkontinans durumu ortaya çıkabilir.
Diğer Durumlar: Rektum sarkması dediğimiz durum meydana geldiği takdirde (rektumun anüse doğru sarkması, ya da kadınlarda rektumun vajina içerisine sarkmas) fekal inkontinans oluşabilir.